氣候環境對于種子發芽是有非常大的影響的，因此在高級花卉育苗中，有很多企業已經開始采用種子發芽箱來育苗，通過控制種子發芽的溫濕度環境，以達到提高種子發芽率，提升育苗品質的目的。
很多種子發芽都需要具備一定的溫濕度環境，比如說十字花科的香雪球發芽適溫必須在5℃～20℃，非洲菊的發芽適溫必須在20℃～25℃，報春花的發芽適溫必須在15℃～18℃范圍內，溫度太高或太低都會影響花卉出苗率，甚至會引發種子的霉爛現象的發生，大大降低發芽率和成苗率。而現代企業進行花卉栽培，很多是從種子開始的。從種子到花卉小苗，之間需要經過一段發育的過程，如果環境控制不好的話，就會導致很多有發芽能力的種子不能正常發芽，造成資源浪費，增加了栽培的成本。尤其是一些高級花卉種子，本身價格就比較高，如果不能很好的利用，那么自然會給企業造成一定的經濟損失。因此采用種子發芽箱來控制環境， 可以有效解決由于環境影響所造成的種子損失，提高種子的利用率，為企業節省生產成本。
另外，利用種子發芽箱來開展高級花卉育苗，還能夠提高種子育苗的品質，經過種子發芽箱育苗后的花卉苗木更易獲得壯苗和全苗，進行移栽之后，成活率更高，生長效果更好。