工作人員在進行種子扦樣的過程中，如果才做不規范或者是技術水平不嫻熟都會導致檢驗結果不能正確反映出所扦種子批的真實性。因此，在使用種子扦樣器進行種子扦樣的過程中，一定要按照規范進行操作，注意一些事項。
由于種子品種繁多，種子扦樣器的選擇也是其中較為關鍵詞的一步，一般來說，是根據不同作物的種子類型以及包裝形式，選擇不同的扦樣器扦取初次樣品。就袋裝種子扦樣器而言， 有單管和雙管扦樣器兩種類型。一般情況下，袋裝種子（中、小粒），扦樣時宜選用單管扦樣器。對散裝種子扦樣，有長柄短筒圓錐形和自動扦樣器兩種類型。選擇扦樣器的基本原則：扦樣器長度要略短于被扦容器的斜角長度。
選擇好扦樣器后，在操作的過程中要按照其正確的使用方法進行操作，這里主要以單管扦樣器為例說明扦樣器的使用。使用時，將盛樣器和扦樣器清潔干凈，扦樣前清掃干凈存留在器具內的種子， 以避免造成人為的種子混雜； 然后查看堆放種子的高度是否超過兩貨盤的高度； 扦樣時用手將扦樣器的底部堵住，防止種子的散落，用扦樣器尖端撥開袋一角的線孔（注意不是人為的隨意在包裝袋任何位置設置一個開口），讓扦樣器凹槽向下，自袋角處尖端與水平成30°向上傾斜地慢慢插入袋內，直至袋的中心； 此時手柄旋轉180°， 使扦樣器凹槽向上，讓種子自然落入孔內，直至扦樣器全部裝滿種子；抽出扦樣器，即可打開孔口將種子倒入盤內或容器里。用扦樣器尖端在扦孔處畫一個“十”字，撥好扦孔。也可以用紙粘好扦孔，以防種子的下落；把扦取的種子樣品及時裝入相應的容器內， 并做好封簽及相應的記錄工作， 確保混合種子樣品在混合和分樣時不會發生混雜。