在小麥品種資源、雜交育種、新品種試驗和提純復壯等方面，小麥單株、單穗及穗行的脫粒清選是其中較為基礎的一項工作，但是過去由于受技術的限制，良種繁育者一直采用最原始的人工脫粒方式進行小區試驗，因此不僅工作量大，效率低，而且脫粒的效果也不佳，脫粒損失比較大，因此為了解決這種情況，研制的專用于育種稻麥脫粒的種子脫粒機，它具有生產效率高、破碎率低、脫凈率高、清選效果好等特點。
一般來說，應用于擴繁材料和鑒定材料的脫粒設備，最基本的要求就是體積要小，堅固、耐用、使用方便、易清機，并且脫粒過程中要將種子損失降至最低，而種子脫粒機在研發的時候，就充分考慮了實際的需求情況，因此將其應用于種子脫粒，不僅防混雜性能高、生產率高、易清機、干濕脫性能穩定，而且脫粒清選質量好，種子脫粒后的籽粒能夠以最快的速度被凹板篩離，減少了受打擊的次數，也即減少了破碎損失。
另外還有一個方法可以降低種子脫粒機的脫粒損失，那就是嚴格控制稻麥種子的含水量，一般是選擇含水率小于15%-12%時脫粒，因為此時脫粒破碎率、胚芽損傷率、裂紋率增值相對較低，會使種子脫粒機的脫粒效果更加明顯，有效降低脫粒損失。總之在嚴格控制種子含水率的情況下，種子脫粒機能夠達到良好的脫粒效果，脫粒后的種子符合小區試驗的要求，因此種子脫粒機非常適用于中央到地方的農科院、所、農業院校和種子生產單位。