在種子檢驗中，如果要想全面檢查種子的品質，那么不僅需要檢查其外觀，也就是肉眼能看到的部分，還需要檢查肉眼看不到的部分，也就是種子內部的情況。這是因為有些種子可能從外觀上看是完整的，但是其內部可能已經壞死或者遭到損壞，這樣的種子用于農業播種，那么肯定會影響農業生產的效益。因此為了檢查種子內部的情況，人們主要是利用種子軟X射線儀來開展無損檢測，為種子品質的判定，提供更加直觀的技術支持。
種子軟X射線儀具有技術簡單、操作迅速的特點，而且在檢查的過程中不會對種子造成損傷，目前種子軟X射線儀主要用于檢驗種子的以下幾個方面：
1.空粒種子的查定。比如林木種子特別是針葉樹種子，在種子發育過程中常會形成數量不等的空粒。而這類種子在外觀上常和發育完好的籽粒沒有差別,
在凈度、發芽測定上難在短時間內將它與正常種粒區分開。如用種子軟X射線儀攝影，則可在兩小時內完成這項工作。
2.機械損傷種子的查定。在脫粒、去翅和其它加工過程中, 種子常會遭受機械損傷,
這些傷害表現為鱗片或胚乳受壓、呈現裂縫。這類種子經種子軟X射線儀攝影檢查，其損傷程度及損傷部位一目了然。通過檢查，有助于判斷哪批種子可以安全貯藏，哪批種子應該及早使用。
3.蟲粒種子的查定。感染蟲害的種子在質量和大小方面往往與正常種子相同。通常只有逐粒剖開種子才能查出隱蔽的害蟲，統計受害的百分率。這項工作費時費力，且常把含有害蟲的種子誤認為腐壞種子。而通過種子軟X射線儀攝影，可以精確地查定蟲害種子的數量，有時還可以確定是什么蟲種。
4.發芽試驗結束時尚夫發芽種子的查定。發芽試驗結束時尚未發芽的種子可能是有生命的種子，也可能是死種子、空粒種子。逐粒切開檢查工作繁瑣。通過種子軟X射線儀攝影，從照片上可以明顯看到這種差異。
5.判斷新鮮種子的發芽能力。種子品質最主要的指標就是發芽能力，使用種子軟X射線儀，可以替代常規的發芽試驗，縮短種子實驗的時間。