2013年4月18日，科技部在其網站上公布了“科技部2013年度部門預算”詳細情況。指出2013年年初，科技部財政撥款收入預算數為2,873,937,13萬元，比2012年年初預算數增加87,051.33萬元，增長了3.13%，主要是國家科技（專項）等經費預算增加。2013年年初科學技術支出預算為2,921,187,07萬元，比2012年年初預算增加115,919.06萬元，增長4.14%。主要是基礎研究、應用研究、技術研究與開發、科技條件專項和國際交流與合作等項目支出增加。
其中，2013年科技部項目支出預算為2,899,408.27萬元，用于科學技術支出為2,852,521.37 萬元，主要用于國家科技計劃(專項)等方面支出。
具體支出包括包括：
（1）科學技術管理事務7,780.49 萬元，主要用于行政單位(含參公管理事業單位)及機關服務中心的項目支出。
（2）基礎研究440,000 萬元,主要用于基礎研究規劃及重點試驗室等方面支出。
（3）應用研究986,376.71 萬元，主要用于高技術研究、社會公益研究等方面支出。
（4）技術研究與開發867,735 萬元，主要用于應用技術研究與開發、科技成果轉化等方面支出。
（5）科技條件與服務59,600 萬元，主要用于科技條件專項等方面支出。
（6）科學技術普及1,000 萬元，主要用于科普活動支出。科技合作與交流213,812 萬元，主要用于國際交流與合作、重大科技合作項目等方面支出。
（7）其他科學技術支出276，217.17 萬元，主要用于解決轉制科研機構轉制前離退休人員的社會保障問題、國家科技獎勵專項經費支出等。
具體詳細情況請見：科學技術部2013年度部門預算
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