依據排斥反應的形態變化及發病機制，分為超急性排斥反應，急性排斥反應和慢性排斥反應。
1．超急性排斥反應
發生在移植后的幾分鐘或幾小時，其發生與受者已有供者特異性HCA抗體存在，或供者與受者的ABO血型不符有關。移植器官迅速轉變為暗紅色，并伴有出血壞死，呈花斑狀，體積腫大，質地柔軟，組織學檢查廣泛的小血管炎伴血栓形成，血管壁纖維素樣壞死和中性粒細胞浸潤，并有IgG、IgM和補體存在。
2．急性排斥反應
較常見，未經免疫抑制治療時，可在數天內發生，經免疫抑制治療時，可在數月甚至數年后發生，可分為細胞型排斥反應和血管型排斥反應。
細胞型排斥反應：表現為移植器官內，大量淋巴細胞，單核細胞浸潤，淋巴多為CD4＋或CD8＋T細胞。細胞型急性腎移植排斥反應
血管型排斥反應：主要表現為細小動脈的壞死性血管炎。細小動脈的壞死性血管炎
3．慢性排斥反應
常是反復急性排斥反應的積累，突出病變是血管內膜纖維化，伴有移植器官的實質細胞萎縮及間質纖維化慢性炎細胞浸潤。