由于空氣中缺乏營養物及適當的溫度，細菌不能繁殖，且常因陽光照射和干燥作用而被消滅，只有抵抗力較強的細菌和真菌或細菌芽胞才能存留較長時間。
室外空氣中常見產芽胞桿菌、產色素細菌及真菌孢子等；
室內空氣中的微生物比室外多，尤其是人口密集的公共場所、醫院病房、門診等處，容易受到帶菌者和病人污染，如飛沫、皮屑、痰液、膿汗和糞便等攜帶大量的微生物，,可嚴重污染空氣。某些醫療操作也會造成空氣污染，如高速牙鉆修補或超聲波清潔牙石時，可產生微生物氣溶膠；穿衣、鋪床時使織物表面微生物飛揚到空氣中，清掃及人員走動塵土飛場也是醫院空氣中微生物的來源。
室內空氣中常見的病原菌有腦膜炎奈瑟氏菌、結核桿菌、溶血性球菌、白喉桿菌、百日咳桿菌等。其可能引起的疾病主要有腦膜炎、結核、白喉、百日咳等。