主要是進行組織病理檢查。所有穿通性疾病中，都有一個痂皮性或角化過度性的栓子，在皮疹的不同階段伴有不同程度的角化不全。不同類型的穿通性疾病其組織病理表現也有差異。
1.反應性穿通性膠原病
典型病變顯示表皮杯形下凹，凹內含有柱形角栓，由角化不全的角質、細胞碎片、藍色退變的膠原纖維組成。
2.匍行性穿通性彈性纖維病
可見狹長管腔穿通表皮或毛囊，管腔外口擴大，內含角栓，由角化不全性角質、嗜蘇木紫碎片和彈性纖維碎片組成。
3.穿通性毛囊炎
毛囊口擴張，內含角化不全性角栓，并含有嗜蘇木紫碎片和卷曲的毛發。
4.毛囊和毛囊旁角化過度病
凹陷的部分被角化不全性角栓填補，含有嗜蘇木紫碎片而無彈性纖維組織，穿通的基底部有肉芽腫性炎癥反應。