第八章：常用引物設計工具大集合

Oligo 6

作為目前最好、最為專業的引物設計軟件，Oligo 的功能很強大，他主要功能有：普通引物對的搜索、測序引物的設計、雜交探針的設計以及評估「引物對」質量的功能。

如何使用Oligo6 請參看：「兩分鐘教你學會 Oligo 7」

BLAST

BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白質數據庫或 DNA 數據庫中進行相似性比較的分析工具。BLAST 程序能迅速與公開數據庫進行相似性序列比較。

不僅如此，BLAST 還可以衍生出許多其他用途，但都是建立在找到相似性序列（片段）的基礎上的。

BLAST 的基本使用教程請參看，「BLAST 新手基本使用教程及結果解讀」。

如何利用 BLAST 進行引物設計，請點擊：「這里」

Primer3

Primer3 是一款使用最為廣泛的引物設計軟件，鑒于其的開源性和更新速度快，目前已被

Beacon Designer 7.0

Beacon Designer 7.0 是 PREMIER 生物軟件公司研發的一種實時 PCR 引物和探針設計 軟件，可以設計分子信標和 TaqMan 探針，所設計的探針可用于多元和等位基因鑒定實驗。

該軟件可以用來設計帶有適宜長度的莖的信標探針，可以自動調整至理想的二值，檢測與 擴增引物間形成的交叉二聚體，因而可防止多元反應之間的競爭。該程序還可推測二級結構和相互雜交，以保證足夠強的信號。

發夾結構的 Tm 值采用高精度的 Mfold 運算法則計算。 此外，還可以設計野生型和突變體信標探針，用于研究基因型。該軟件在 Windows 和 Macinosh 操作系統中均可使用。

Primer Express 3. 0

Primer Express 3.0 是 Applied Biosystem 研發的基于 NT 的寡核苷酸設計程序，用于支持 Applied Biosystem PCR 和 Sequence Detection System 設備，該軟件可以設計標準的 DNAPCR 引物、RT-PCR 引物、嵌套 PCR 引物、等位基因特異引物、多元 PCR 引物和隨 TaqMan 探針使用的 DNAPCR 引物。

該軟件帶有引物檢驗系統，可以基于：Tm 值、二級結 構和形成引物二聚體的可能性對初步設計的引物進行檢驗。利用該軟件還可以進行引物 注釋。

Primer Express 3.0 還可以設計 TaqMan MGB 探針和 TaqMan 探針，可以設計用于單 一序列和多序列（最多可達 48 個）的探針，該程序在 Windows 和 Macinosh 操作系統中均 可使用。

中文使用教程見：「丁香文檔」

Primer Premier 5

Primer Premier 5 是 PREMIER 生物軟件公司整合多重序列比對和引物設計功能而研發 的一套程序，以設計近源種引物。該程序采用了一套具有版權的運算法則推演出一致性較少區域并在目的序列保守性最髙區設計引物。一個基因家族的一致性較少序列的等位基因特異 性引物可以繪圖方式設計。

Primer Premiers 提供了一套全面的引物設計方案，可以自動設計也可以手動設計，多 元和嵌套 PCR 引物設計可保證不形成交叉同源序列。檢索結果可以保存在內在的數據庫中， 且能提供引物的合成順序形式以方便定購。該軟件在 Windows 和 Macinosh 操作系統中均可使用。

中文實驗教程見：「丁香文檔」

Primer Designer-M

Primer Designer-M 可輔助設計測序引物、PCR 引物和寡核苷酸探針。該程序可以閱讀 GenBank、EMBL、FASTA 或 Clone Manager 格式文件和 ASC II 純文本形式的序列數據 文件，而且可以將引物檢索信息保存在內在的數據庫中，然后用與其成一體的整套最近鄰參 數（SantaLiida 1998) 估算引物 Tm 值。

引物設計地址：http://www.hiv.lanl.gov/content/sequence/PRIMER_DESIGN/primer_design.html

以下是一些商用的real-time PCR 引物設計軟件及其地址