以Oxford Nanopore Technologies為代表的納米孔測序技術與其他測序技術不同的是,它基于電信號而不是光信號。經歷了三個主要的技術革新:
一、單分子DNA從納米孔通過;
二、納米孔上的酶對于測序分子在單核苷酸精度的控制;
三、單核苷酸的測序精度控制。
將在某一面上含有一對電極的特殊脂質雙分子層置于一個微孔之上,該雙分子層中含有很多由α溶血素蛋白組成的納米孔(直徑2.6nm),只能容納一個核苷酸通過,并且每個納米孔會結合一個核酸外切酶。當DNA模板進入孔道時,孔道中的核酸外切酶會“抓住”DNA分子,順序剪切掉穿過納米孔道的DNA堿基,每一個堿基通過納米孔時都會產生一個阻斷,根據阻斷電流的變化就能檢測出相應堿基的種類,從而進行實時測序,最終得到DNA分子的序列。
Oxford Nanopore的特點是單分子測序,測序讀長長(超過150kb),測序速度快,測序數據實時監控,機器方便攜帶等,但其單芯片測序成本還是在幾百美金以上。
現有的四代測序技術還有哪些痛點
測序技術在不斷進步中,進步的目的是要解決目前還沒有完美答案的問題,比如四代測序在長讀長、速度上已經大幅領先,那接下來首要的就是成本問題,無論是儀器成本,還是測序成本等,其它的次要因素還有數據通量、速度等。
是時候祭出這張經典的測序成本變化圖,其含義再明顯不過了:成本是技術廣泛應用的決定性因素,這句話出自上周末國產四代測序廠商安序源的新品發布會,筆者深表贊同,毫無疑問,測序技術大規模商業化應用,就是成本因素在制約著。
帶著好奇心,筆者認真的觀看了他們的發布會,不由得被新穎的五邊形的產品的吸引了: 低成本、長讀長、高通量、速度快、精度高,每一個邊都直擊應用端的切實需求,如果性能都能達到,真機量產,那國貨之光妥妥的。
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