固體培養基的凝固劑一般不是微生物的營養成分，只起固化作用。理想的凝固劑應具備以下條件：不會被微生物分解利用；不會因高溫滅菌而受到破壞；在微生物生長的溫度范圍內保持固體狀態；對微生物及操作人員均無毒害作用；透明度好、凝固力強；價格低廉，配制方便。常用的凝固劑是瓊脂。瓊脂的主要成分是硫酸半乳聚糖，絕大多數微生物都不能分解利用它。瓊脂的熔點為96℃，凝固點為40℃，因此，在一般的培養條件下都呈固體狀態，而且透明度強。正是這些優良特性，使瓊脂取代了早期使用的明膠而成為常用的凝固劑。
呈液體狀態的培養基，叫液體培養基或培養液，發酵液。液體培養基因營養物質分布均勻，與菌體表面接觸充分，還能大量溶解微生物的代謝產物等優點，廣泛用于微生物的生理、代謝研究以及大規模的工業化生產中。
半固體培養基是指在培養液中加入少量的凝固劑(如0.2%－0.5%的瓊脂)而制成的培養基。這種培養基常用于觀察細菌的運動、厭氧菌的分離和菌種鑒定等。