運行主要是活性污泥量和供氧量的控制，曝氣池的活性污泥濃度（稱混合液懸浮固體），是可以調節的，也就是活性污泥量和負荷率是可以調節的，運行時應根據具體情況注意調節。活性污泥法污水廠容易出現污泥膨脹，即污泥含水量極高，不易沉降。這將造成污泥隨水流出沉淀池，破壞水質，同時，污泥的流失使曝氣池中污泥減少，整個過程逐漸失效。在發現污泥有膨脹趨勢時，應即分析原因，采取措施。
運行條件
① 廢水中含有足夠的可溶性易降解有機物；
② 混合液含有足夠的溶解氧；
③ 活性污泥在池內呈懸浮狀態；
④ 活性污泥連續回流、及時排除剩余污泥，使混合液保持一定濃度的活性污泥；
⑤ 無有毒有害的物質流入。