流動注射分析的原理是先將液體樣品注入到一流動的、非間隔連續載流由適當液體構成中?注入的樣品形成一個帶，被傳送到檢測器。
檢測器連續地記錄由于樣品通過流通池而引起吸光度、電極電位或其他物理量的變化。
當流體在流動注射分析儀通道中運動時進行著復雜的物理與化學過程。
流動注射分析是上述三條原理的組合即樣品注入、注入樣品帶的受控分散、樣品帶從注入口流到檢測器的可重現的時序。
由于試樣溶液在嚴格控制的條件下在試劑載流中分散，因而，只要試樣溶液注射方法、在管道中存留時間、溫度和分散過程等條件相同，在非反應平衡狀態下就可以按照標準對比法?測定試樣溶液中被測物質的濃度。這是流動注射區別于其它分析方法的一個明顯的特征，也是能獲得較高分析速度的原因。