HPLC-MS己經在環境分析中有很多的應用，如環境樣品中的抗生素、 多環芳烴、 多氯聯苯、 酚類化合物、 農藥殘留等。尤其是近些年，農藥殘留問題一直是個熱門話題。由于 農藥正向高效和低毒方向發展，使農藥的 環境影響和殘留農藥的檢測方法發生了變化。由于目前低濃度、難揮發、熱不穩定和強極性 農藥分析方法并不是十分理想，因此發展高靈敏度的多殘留可靠分析方法己成為 環境分析化學及農業化學家的重要戰略目標。 高效液相色譜法彌補了 氣相色譜法不宜分析難揮發， 熱穩定性差的物質的缺陷，可以直接測定那些難以用GC分析的農藥。但是常規檢測器如紫外(UV)及二極管陣列(PAD)等定性能力有限，因而在復雜環境樣品 痕量分析時的 化學干擾也常影響痕量測定時的準確性，從而限定了他們在多殘留 超痕量分析中的應用。自從80年代末 大氣壓 電離質譜(APIMS)成功地與HPLC聯用以來，HPLC-MS已經在 農藥殘留分析中占了很重要的地位，成為農藥殘留分析最有力的工具。