生物安全柜工作原理是空氣由前窗操作口進入負壓風道與柜體內空氣充分混合后，由風機送入靜壓箱，經高效過濾器過濾后以垂直層流的狀態進入操作區，操作區左右及后部墻體均為負壓風道，使工作區與外部環境形成氣幕及箱體雙層隔離。
同時工作區被負壓包圍，保證樣品不發生泄漏，操作區的氣流由于風機的作用，通過負壓風道與前窗操作口進入的空氣混合后。
其中部分混合氣體（約70%）由風機送入靜壓箱循環使用，其余混合氣體（約30%）經排風高效過濾器過濾后排出柜體。
