由于受電鏡高壓限制，透射電子束一般只能穿透厚度為幾十納米以下的薄層樣品。
除微細粒狀樣品可以通過介質分散法并直接滴樣外，其它樣品的制備方法主要有物理減薄(離子和雙噴減薄等)和超薄切片法。
一般情況下，需要采用物理減薄法的樣品制備過程，須由用戶自己完成(不具備此制樣條件的院系，可租用本室的相關設備)。
超薄切片樣品的制備，需經樣品前處理、包埋、切片等復雜工序，周期較長(約一周左右)
由于該儀器是高分辨型電鏡，為確保儀器性能和發揮其高分辨象觀察特點，目前主要接受材料領域的樣品。
