三氟甲磺酸具有強腐蝕性、吸濕性,廣泛用于醫藥、化工等行業。如核苷,抗生素,類固醇,蛋白質,配糖類,維生素合成,硅橡膠改性等。
還可用作異構化和烷基化的催化劑。制備2,3-二氫-2-茚酮、四氫萘酮。去除糖蛋白中糖苷。