1.不良反應多發生在用藥首二月，較多見的有皮膚瘙癢和皮疹，可停藥或減量或換用其他制劑。
2.嚴重不良反應為血液系統異常，輕度的有白細胞減少，嚴重的有粒細胞缺乏，再生障礙性貧血，因此，在治療開始后應定期檢查血象。罕見的不良反應有肝炎，可發生黃疸，應定期檢查肝功。肝功能異常患者慎用。丙硫氧嘧啶較其他硫脲類藥物與肝毒性的相關性更大，其中無癥狀的肝損害較常見，如肝酶升高等，但肝炎、肝壞死等嚴重反應少見。腎功能不全者應減量。
3.其他不良反應有胃腸道反應、關節痛、頭痛、脈管炎和紅斑狼瘡樣綜合征；罕見的不良反應有間質性肺炎、腎炎和脈管炎等。