1、大體結構：
p38與ERK2具有約40%序列同源性。將p38和ERK2的兩個結構域同時重疊在一起時，其根均平方（root mean square ，RMS）偏離為0.17nm。JNK與ERK2和p38的同源性分別為40%和51%，其總體結構也與ERK2和p38非常相似。將ERK2和p38的羧基端結構域與JNK的羧基端結構域重疊式，兩者較JNK3的羧基端結構域分別旋轉了2.5°和4°。將ERK2的氨基酸和羧基端結構域與JNK3的對應結構域重疊時，其RMS偏離分別為0.115nm和0.158nm。 [1]
2、底物結合口袋的結構特征：
在所有MAPK中，形成底物結合口袋的氨基酸殘基都是相當保守的。在未受到刺激時，ERK2的底物結合口袋被Arg192占據；當ERK2被磷酸化后，Arg192轉離原來的位置，從而暴露出底物結合口袋來進行底物的結合。p38中，該位點活化機制尚不清楚。