根據流行病學資料、臨床癥狀和體征以及實驗室檢查結果的綜合分析進行診斷，但確診則需要依靠抗體檢查或病原分離。精神癥狀以意識障礙為主，可伴有精神運動性興奮、幻覺、妄想、感知綜合障礙和緊張綜合征。后遺癥狀以人格改變、智能障礙、行為異常為主。在乙腦流行區居住，在蚊蟲叮咬季節發病或發病前25天內在蚊蟲叮咬季節到過乙腦流行區。急性起病，發熱頭痛、噴射性嘔吐、嗜睡，伴有腦膜刺激癥狀。實驗室檢查可見腦脊液壓力升高，白細胞升高，補體結合試驗、血清抗體試驗呈陽性等。
