HPV經直接或間接接觸傳播到達宿主皮膚和黏膜上皮細胞。通過微小糜爛面的接觸而進入細胞內,停留在感染部位的上皮細胞核內復制并轉錄。但不進入血液循環,不產生病毒血癥。復制和裝配后的病毒顆粒先在胞核內聚集,然后釋放。又逐漸感染鄰近的細胞,使越來越多的宿主細胞被HPV感染,成為自身接種與傳播的來源。病毒DNA還可以整合入宿主細胞DNA中,隨細胞DNA同步復制,致使被感染細胞的所有子細胞處于潛伏感染狀態。在潛伏感染期中病毒是以染色體外自我復制的質粒或游離基因形式存在。這些基因組也能感染鄰近細胞。