根據現有人感染H7N9和H5N1禽流感病例的調查結果認為，潛伏期一般在7天以內。
患者發病初期表現為流感樣癥狀，包括發熱、咳嗽，可伴有頭痛、肌肉酸痛和全身不適，也可以出現流涕、鼻塞、咽痛等。部分患者肺部病變較重或病情發展迅速時，出現胸悶和呼吸困難等癥狀。呼吸系統癥狀出現較早，一般在發病后1周內即可出現，持續時間較長，部分患者在經過治療1個月后仍有較為嚴重的咳嗽、咳痰。在疾病初期即有胸悶、氣短以及呼吸困難，常提示肺內病變進展迅速，將會迅速發展為嚴重缺氧狀態和呼吸衰竭。重癥患者病情發展迅速，多在5～7天出現重癥肺炎，體溫大多持續在39℃以上，呼吸困難，可伴有咯血痰；可快速進展為急性呼吸窘迫綜合征、膿毒血癥、感染性休克，部分患者可出現縱隔氣腫、胸腔積液等。有相當比例的重癥患者同時合并其他多個系統或器官的損傷或衰竭，如心肌損傷導致心力衰竭，個別患者也表現有消化道出血和應激性潰瘍等消化系統癥狀，也有的重癥患者發生昏迷和意識障礙。