傳染性心內膜炎常發生心力衰竭、栓塞、轉移性膿腫和感染性動脈瘤等并發癥。
1、心力衰竭
傳染性心內膜炎患者的二尖瓣和主動脈瓣最易受累，瓣膜損害嚴重，產生急性瓣膜關閉不全，可出現急性左心功能不全、肺水腫的表現。病變若累及三尖瓣及肺動脈瓣，可出現右心衰的表現。若左、右心瓣膜均受累，可產生全心衰竭的征象。
2、栓塞
若贅生物脫落，帶菌的栓子可引起多發性栓塞。最常見的部位腦、腎、脾和冠狀動脈，可產生相應臨床表現。
3、轉移性膿腫
傳染性心內膜炎的贅生物易脫落，這些帶菌的栓子可隨血液到達身體的各個部位引起膿腫的形成。
4、感染性動脈瘤
多由于嚴重的感染，病原微生物侵蝕動脈壁彈性組織，導致動脈的局部擴張。發生于較小動脈的動脈瘤預后較好，發生于較大動脈的動脈瘤一旦破裂預后較差。