對動物或人類致病的主要有銅綠假單胞菌（P. aeruginosa）、熒光假單胞菌（P. fluorescens）和類鼻疽假單胞菌（P. Pseudomallei）、惡臭假單胞菌和產堿假單胞菌。
銅綠假單胞菌是條件致病菌，在一定條件下方可引起疾病，也是導致醫院感染的主要病原之一。該菌能天然抵抗多種抗生素；形成生物膜的能力強，可在外傷傷口或醫療植入物上形成生物膜。在治療過程中，易出現抗藥性。
熒光假單胞菌是一種條件致病菌. 可引起菌血癥、泌尿道感染等疾病。本菌對卡那霉素、多黏菌素敏感。對常用抗菌藥物易產生耐藥性。
惡臭假單胞菌可引起呼吸道、泌尿道感染和傷口感染，及化膿性關節炎和菌血癥，并常污染血庫制品。