先天性高胰島素性低血糖血癥應與外源性胰島素或磺酰脲類藥物應用、新生兒一過性高胰島素血癥、胰島素瘤、糖原累積癥及Beckwith-Wiedemann綜合征等相鑒別,可通過血胰島素測定、影像學及基因檢測等方法進行鑒別診斷。