在調節植物光形態發生中起作用的是Pfr，Pr則為生理鈍化型。光敏素在調節種子萌發、莖葉生長、下胚軸“鉤”的伸直、葉綠體運動、花芽分化以及塊莖塊根形成中起作用。在種子萌發期和幼苗發育期以及營養生長向生殖生長轉化的時期，光敏素的調節作用最為明顯。
紅光促進萵苣種子等需光種子的萌發。有些種子植物幼苗出土見光后，下胚軸停止生長，下胚軸“鉤”伸直，子葉展開。在日光下生長的植物，莖的伸長受抑制；暗期光間斷抑制短日植物開花,而促進長日植物開花,這些現象中起作用的都是光下特別是紅光下形成的fr。
除了光形態發生效應以外，光敏素還參與調節膜的性質、50多種酶的活動、葉綠素和花青素的合成、乙酰膽堿的含量、合歡等豆科植物的小葉的開合等。此外，光敏素還明顯激活rRNA順反子的轉錄，加強rRNA前體的形成，以及控制聚核糖體的形成和核糖體的功能。