變形菌屬、莫根菌屬、普魯菲登菌屬的致病力不強，為條件致病菌，往往在患有原發疾病的病人中引起各種感染，其中以尿路感染最常見，主要由奇異變形桿菌引起，常發生于尿路阻塞性病變的基礎上。由于其尿素酶可以分解尿素產氨，使尿液pH增高，堿性環境有利于變形桿菌生長，并使腎小管上皮細胞受損而易于形成結石。此外，細菌的菌毛可增強其在腎盂上皮細胞的粘附能力；細菌鞭毛促使細菌在尿路中擴散。其他吲哚陽性菌屬包括莫根菌屬、普魯菲登菌屬等則可引起傷口感染、肺炎、敗血癥等醫院內感染；斯氏普魯菲登菌則是長期留置靜脈導管病人發生菌血癥的重要病原菌之一。變形菌屬還可引起皮膚、耳、乳突等部位的感染，亦可為與其他細菌的混合感染。