冠狀病毒是成人普通感冒的主要病原之一，在兒童可以引起上呼吸道感染，一般很少波及下呼吸道。冠狀病毒感染的潛伏期一般為2至5天，平均為3天。典型的冠狀病毒感染呈流涕、不適等感冒癥狀。不同型別病毒的致病力不同，引起的臨床表現也不盡相同，OC43株引起的癥狀一般比229E病毒嚴重。冠狀病毒感染可以出現發熱、寒戰、嘔吐等癥狀。病程一般在1個星期左右，臨床過程輕微，沒有后遺癥。
冠狀病毒還可以引起嬰兒、新生兒急性腸胃炎，主要癥狀是水樣大便、發熱、嘔吐，每天10余次，嚴重者可以出現血水樣便。
文獻報告冠狀病毒的感染可以產生以下臨床癥狀：
（1）呼吸系統感染，包括重急性呼吸系統綜合癥（SARS）；
（2）腸道感染（嬰兒偶爾發生）；
（3）神經系統癥狀（很少）。
冠狀病毒通過呼吸道分泌物排出體外，經口液、噴氣、接觸傳染。臨床上，多數冠狀病毒引起輕度和自愈性疾病，但少數可有神經系統并發癥。
常見的人冠狀病毒（包括229E、NL63、OC43和HKU1型），通常會引起輕度或中度的上呼吸道疾病，如感冒。癥狀主要包括流鼻涕、頭痛、咳嗽、咽喉痛、發熱等，有時會引起肺炎或支氣管炎等下呼吸道疾病，心肺疾病患者、免疫力低下人群、嬰兒和老年人中較為常見。
MERS-CoV和SARS-CoV常引起較為嚴重癥狀。MERS癥狀通常包括發熱、咳嗽和呼吸急促，甚至發展為肺炎，病死率約為34.4%。SARS癥狀通常包括發熱、畏寒和身體疼痛，甚至發展為肺炎，病死率約為9.6%。