通常用量是100kg原奶添加20-40毫升凝乳酶溶液。凝乳時間與凝乳酶用量成反比，用量翻倍，則凝乳時間減半。
乳清的排出不受凝乳酶用量的影響，實驗表明凝乳酶的用量與24小時后干酪的含水量及PH質無關。不過用量影響干酪的成熟，用量大，則成熟期間蛋白質的分解會加快；同時由于凝乳酶分解蛋白質產生苦味肽，因此用量大也會增加干酪的苦味。
凝乳強度的測定采用 Arima 法，取 5ml ， 100g/L 的脫脂乳，在 35 ℃下保溫 5 min ，加入 0.5ml ， lg/ L 的木瓜凝乳酶溶液，快速混合均勻，準確測定從加入酶液到凝固的時間 T(s) ，把 40min 凝固 1ml， 100g/ L 的脫脂乳的酶量定義為一個索氏單位。凝乳強度= (2400/T) ╳(5/0.5)╳ D(稀釋倍數)