本病潛伏期為4～8周。AIDS患者的潛伏期較長，平均為6周，甚至可達1年。流行性嬰兒型（經典型）流行于育嬰機構。起病緩慢，先有厭食、腹瀉、低熱，以后逐漸出現咳嗽，呼吸困難，癥狀呈進行性加重，未經治療病死率為20%～50%。兒童-成人型（現代型）起病較急，開始時干咳，迅速出現高熱、氣促、發紺，肺部體征甚少，可有肝脾腫大。從起病到診斷，典型的為1～2周，接受大劑量激素治療者，病程短促，可于4～8天死亡。并發AIDS患者病程較為緩慢，漸進，先有體重下降、盜汗，淋巴結腫大，全身不適，繼而出現上述呼吸道癥狀，可持續數周至數月。未經治療者全部死于呼吸衰竭。本病癥狀嚴重，但肺部體征較少，多數患者肺部聽診無異常，部分病人可聞及散在濕啰音。