多數患兒6個月內即可發病，絕大部分患兒在5歲前被診斷。
主要臨床表現為反復嚴重感染，以及炎癥反應導致的肉芽腫形成，尤其在生后第1年內明顯。肺部感染在CGD患兒中最常見，約80%患兒存在反復肺炎、肺門淋巴結炎、肺膿腫等。反復皮膚感染并出現壞死、瘢痕，淋巴結炎也是CGD患兒常見的表現。肝大或肝膿腫，甚至因骨感染所致骨髓炎都是癥狀之一。
接種卡介苗出現異常反應也可以是CGD的首發癥狀，如接種處化膿和破潰，同側腋下淋巴結結核和鈣化，或伴頸部、鎖骨下等部位淋巴結結核。
大部分患者會因反復感染導致多個器官產生肉芽腫，如皮膚、肺、軟組織、呼吸道、淋巴結、肝臟、骨骼等。較大的肉芽腫可能導致胃腸道、輸尿管梗阻。
炎癥性腸病也是CGD患者的常見表現，包括腹瀉、腹痛、直腸出血等。