SDS．聚丙烯酰胺凝膠電泳
雙向電泳的第二向是將IPG膠條中經過第一向分離的蛋白轉移到第二向SDS．PAGE凝膠上，根據蛋白相對分子質量或分子量(MW)大小與第一相垂直的分離。
蛋白質與十二烷基硫酸鈉(SDS)結合形成帶負電荷的蛋白質．SDS復合物，由于SDS是一種強陰離子去垢劑．所帶的負電荷遠遠超過蛋白質分子原有的電荷量，能消除不同分子之間原有的電荷差異，從而使得凝膠中電泳遷移率不再受蛋白質原有電荷的影響．而主要取決于蛋白質分子的質量大小，其遷移率與分子量的對數呈線性關系，在蛋白質組研究中。需要在同樣的條件下同時走多塊膠，這對凝膠與凝膠之間的比較十分重要。