1.乳糖酶缺乏時
服牛奶或乳糖后可引起腹鳴、腹痛，或有絞痛，腹瀉重者糞便呈水樣，酸臭有泡沫。停服含乳糖的食物后癥狀消失。病人一般情況好，如無腸道手術史者一般無脂肪瀉。蔗糖、異麥芽糖酶缺乏時，在服蔗糖及淀粉后引起腹瀉，癥狀與乳糖酶缺乏相似。
2.臨床分類
（1）先天性乳糖酶缺乏 嬰兒出生后進食母乳或牛乳后不久即出現嘔吐，不能成長，出現脫水、酸中毒、乳糖尿和氨基酸尿癥，病情嚴重，預后較差。
（2）先天性乳糖不耐受癥 開始喂養后出現暴發性腹瀉，水樣多泡的酸性大便，伴腹瀉。可致嘔吐、脫水、腎小管性酸中毒、雙糖尿、氨基酸尿、白內障、肝和腦損傷，如診斷過遲可引起死亡。停止喂乳后腹瀉消失，無乳糖尿和氨基酸尿癥。
（3）成人后天性乳糖不耐受癥 服牛乳后可引起水樣酸性便伴腹脹、腹部不適。
（4）蔗糖-異麥芽糖吸收不良 是蔗糖α-糊精酶缺乏所致，由于未吸收的蔗糖在腸腔內過多造成滲透壓過高和發酵性腹瀉。糞便可呈酸性，糞pH可達4.0～5.0，有酸味，量多，嬰兒有嚴重腹瀉，成年人卻僅胃部不適。攝入甜食及水果后會出現癥狀。據說愛斯基摩人患本病者較多。占人口的10%左右，但一般無癥狀。
（5）海藻糖酶缺乏癥 較少見，病人吃蕈類后引起腹痛、腹瀉、脹氣與嘔吐等癥狀。糞便常為水樣。蘑菇含海藻糖，海藻糖是一種1,α-葡萄糖-1-α-葡糖苷，腹瀉只延續數小時，禁食蘑菇類就不再發病。