[1]反義RNA3'端帶有莖環結構或類似ρ-不依賴性終止子結構時，可以穩定RNA分子；
[2]Gorski等還發現在T4噬菌體的基因32mRNA的5'端上游的莖環結構及其附近的序列亦可穩定RNA分子。所以在設計反義RNA基因時，最好將產生3'及5'端這種二級結構的序列克隆在反義RNA基因的兩端。Hirashima等1986年發現，針對靶mRNA的SD序列和AUG區域的反義RNA，要比單純對編碼區域的反義RNA更為有效。1989年Hirashima又發現，針對SD序列和它的上游區域(但不包括AUG)的反義RNA更為有效。在真核生物中，針對5'端非編碼區的反義RNA更有效。但也有實驗表明針對第一內含子的反義RNA也同樣有效。