在篩選出轉化子后還需要鑒定轉導細胞中外源基因的表達狀況。其中包括對目的基因和標記基因的鑒定。常用方法有原位雜交、Northern雜交、免疫組織化學染色等,原位及Northern雜交是檢測外源基因轉錄出的mRNA,后者則是檢測外源基因翻譯出的蛋白質。