1）外周血干細胞數量采集困難，不能滿足移植所需數量。
2）收集的外周血干細胞會混雜有腫瘤細胞。
3）異基因外周血移植物中存在大量T細胞，可能誘發嚴重GVHD，初步的結果表明Allo-PBSCT急性GVHD的發生率與骨髓移植相似，但慢性GVHD顯著高于Allo-BMT。
4）PBSCT后腫瘤復發。
