外源凝集素產生毒性的機制尚在爭論中.實驗動物食用生的大豆脫脂粉會導致其生長遲緩，一半原因應歸于其中的外源凝集素.研究表明，外源凝集素攝入后與腸道上皮細胞結合，減少了腸道對營養素的吸收，從而造成動物營養素缺乏和生長遲緩.但去除外源凝集素的生大豆粉脫脂粉，其營養價值只有輕微的提高.生大豆粉除外源凝集素外，同時也含有胰蛋白酶抑制劑，該物質抑制胰腺分泌過量的蛋白酶，阻礙腸道對蛋白質的吸收（見下文）.另外，一些豆類儲藏蛋白（如7S菜豆球蛋白）對消化道蛋白酶的敏感性不高，故豆類蛋白及其制成品普遍存在消化率不高的問題，這也是引起動物生長遲緩的原因之一。