急性腸炎自愈傾向頗強，其基本治療方針是補液和對癥處理。老年和嬰幼兒患者，以及有基礎疾患和重癥患者應給予抗生素，以改善臨床癥狀和縮短排菌期。值得注意的是，抗生素體外敏感試驗往往與臨床療效不一致。除非必須經靜脈補液者，通常以口服補液為好，WHO 推薦的葡萄糖電解質口服液為每升茶水或開水中含氯化鈉3.5g，碳酸氫鈉2.5g，氯化鉀1.5g，葡萄糖20g(蔗糖40g 或米粉30g 也可)。
大腸埃希桿菌腸炎，輕癥僅對癥處理即可，懷疑有菌血癥及重癥病例可給予諾氟沙星多黏菌素或復方磺胺甲唑。ETEC 處理主要是糾正水、電解質平衡失調。對上述藥物耐藥者可用氧氟沙星或環丙沙星。一般在腹瀉原因不明時可選用氟喹諾酮類藥物。