1、奧美拉唑可使胃內呈堿性環境，使酮康唑和伊曲康唑等藥物的吸收下降。
2、當奧美拉唑與克拉霉素或紅霉素合用時，它們的血藥濃度會上升。但與甲硝唑或阿莫西林合用時，無相互作用。
3、奧美拉唑具有酶抑制作用，與經肝臟細胞色素P450系統（CYP2C19）代謝的藥物如雙香豆素、華法林、地西泮、苯妥英鈉等合用時，可使后者的半衰期延長，代謝緩慢。
4、奧美拉唑的抑酸作用可影響鐵劑吸收。
5、奧美拉唑可改變胃內pH值，從而使緩釋和控釋制劑受到破壞，藥物溶出加快。
6、奧美拉唑與其它藥物相互作用研究表明，每日口服奧美拉唑20～40mg不影響其他相關的CYP同功酶，與下列酶底物無代謝性相互作用，如CYP1A2（咖啡因、非那西丁、茶堿）、CYP2C9（S-華法林、吡羅昔康、雙氯芬酸和萘普生）、CYP2D6（美托洛爾、普萘洛爾）、CYP2E1（乙醇）和CYP3A（利多卡因、奎尼丁、雌二醇、布地奈德）。