手術切除是嬰幼兒肝細胞癌最為有效的治療方法，常輔以化療、放療或免疫治療。嬰幼兒肝細胞癌若能切除則預后較原發性肝細胞癌好，約1/3的患者可存活5年。嬰幼兒肝細胞癌多不伴有肝硬化，且腫瘤多為單發，包膜完整，可行左三葉或右三葉切除，切除的極量可達全肝的75%，故對嬰幼兒肝細胞癌治療應采取積極態度，爭取徹底切除。一組兒童原發性肝癌57例報道，其中嬰幼兒肝細胞癌16例，均成功切除，無手術死亡。11例已生存超過6年。生存最長的1例為11個月的男嬰，系右肝巨大肝腫瘤，行右半肝切除，腫瘤重810g，病理診斷為嬰幼兒肝細胞癌，術后至今已健在16年。
對腫瘤巨大或有子灶者，術后應配合全身化療可提高患者術后生存率。化療主要是阿霉素和順鉑的聯合應用，效果較好。其他藥物有長春新堿、環磷酰胺及氟尿嘧啶（5-Fu）等。對孤立的肺部轉移灶可行肺葉切除術，可延長生存率。對有雙側或多發肺轉移的患者，可應用全身化療，近期療效較好。