超純水機的反滲透原理是在原水一方施加比自然滲透壓力更大的壓力，使水分子由濃度高的一方逆滲透到濃度低的一方 。由于反滲透膜的孔徑遠遠小于病毒和細菌的幾百倍乃至上千倍以上，故各種病毒，細菌， 重金屬，固體可溶物，污染有機物，鈣鎂離子等根本無法通過反滲透膜，從而達到水質凈化的目的。
超純水設備采用多介質過濾器、活性炭過濾器及保安過濾器作為前級處理，有效除去原水中的懸浮物、泥砂、微粒、有機硅膠體、有機物、異味、余氯等雜質，使經過處理后的原水符合反滲透的進水要求，然后進入程控反滲透裝置去除水中的溶解性鹽類物質、細菌、熱源等，然后使用離子交換混床進行深度脫鹽，使產水電阻率達到15～18.2MΩ.cm，后處理采用紫外線殺菌器和精密過濾器隔絕細菌的二次污染，產水可達到國家電子級水的技術指標GB 11446.1-1997。