嬰兒CMV肺炎全年發病，已經被認為是4個月以下嬰兒肺炎的病原之一。無論是先天性或后天性巨細胞包涵體病，肺炎常被其他全身嚴重癥狀所掩蓋，如新生兒巨細胞肺炎可表現為持續性呼吸窘迫，同時常有肝脾大、黃疸和中樞神經系統損害，生后數月發病者，肺炎亦可合并肝、脾大；有時還可并發卡氏肺孢子蟲肺炎。肺部癥狀多與其他非細菌性肺炎相似，有咳嗽、呼吸困難、發紺及三凹征等，聽診多無異常，與肺部X線改變不相平行。
免疫抑制患者的CMV肺炎：CMV肺炎的臨床癥狀為亞急性和非特異性的，癥狀持續1～4周，發生肺泡出血時癥狀可持續1～3個月，部分患兒可在1周內急速進展到呼吸衰竭，臨床表現為干咳、呼吸增快和發熱，少數患兒肺部可聽到干或濕音，在不同的報道中90%～100%病例出現發熱，76%～100%有呼吸困難，60%～90%伴咳嗽，胸痛少見。壞死性支氣管炎可出現喘鳴，肺和心-肺聯合移植時CMV肺炎多見。