潛伏期通常為2～3天。起病急，主要臨床表現為腹瀉，排黃色水樣便，無黏液及膿血，量多，一般5～10次/天，重者超過20次/天。多數伴有發熱，體溫在37.9～39.5℃。30%～50%患兒早期出現呼吸道癥狀。其他伴發癥狀有腹脹、腹鳴、腹痛和惡心、嘔吐等。腹瀉重者可發生等滲性脫水、代謝性酸中毒和電解質紊亂。輪狀病毒感染引起的腹瀉病程較短，一般3～5天，多數具有自限性。免疫缺陷患者可發生慢性癥狀性腹瀉。
