心臟粘液瘤本身并無手術禁忌，但有下列情況之一者，不宜單獨作粘液瘤手術切除。
1.惡病體質，由心臟粘液瘤以外的惡性腫瘤所引起，而后者又不宜同期手術切除者。
2.播散性結核感染尚未控制者。
3.心臟粘液瘤末期病例、瀕于死亡狀態，不堪承受體外循環心內直視手術負擔者（須待搶救病情趨穩后）。
4.體內尚有嚴重化膿性感染病灶未能加以清除控制者。
5.并存復雜先天性心血管畸形和（或）肺部器質性高壓病變無法用常規手術方法予以矯治者（應考慮心臟移植或心肺移植）。
輕度心衰（心率快）、貧血、血沉快、高熱如非別的因素引起，而系心臟粘液瘤本身所致者，并非粘液瘤切除的手術禁忌。已有的動脈栓塞及其后遺癥、合并存在心內膜炎也非心臟粘液瘤的手術禁忌。