1.慢性扁桃體炎
也可表現為咽異物感、咽癢、干燥、疼痛、刺激性干咳等不適癥狀，可伴有間斷于咽部咯出小米粒大小伴有臭味的黃色豆渣樣物。慢性扁桃體炎的患者查體可見扁桃體可有增生肥大、扁桃體表面瘢痕、凹凸不平、與周圍組織粘連或扁桃體隱窩內可見栓塞物。
2.咽部或臨近部位的良惡性腫物
良性腫物如口咽及下咽部乳頭狀瘤、纖維瘤、血管瘤、脂肪瘤、平滑肌瘤、神經鞘瘤等，口咽及下咽、鼻咽、喉、食管的惡性腫瘤如鱗狀細胞癌、肉瘤、淋巴瘤等。口咽及下咽、鼻咽及喉部病變可通過耳鼻咽喉科專科查體、鼻內鏡及纖維喉鏡予以發現；早期的食管癌患者在出現吞咽功能障礙以前，常僅有咽部不適或胸骨后壓迫感，較易與慢性咽炎混淆，應行食管造影、食管鏡檢查予以確診。對中年以上的患者，若無既往明顯咽炎癥狀，出現咽部不適時，應行相應的詳細檢查。
3.莖突綜合征、舌骨綜合征及咽易感癥
可有相同的咽部癥狀。通過觸診、莖突及舌骨X線片、頸椎X線片及CT掃描與慢性咽炎鑒別。
4.肺結核
除伴發咽部結核以外，肺結核的患者通常也伴有慢性咽炎。
5.丙種球蛋白缺乏癥
此病好發于兒童及青年，有反復發生急性或慢性呼吸道炎癥的病史，其咽部變化為淋巴組織明顯減少或消失。