慢性肥厚性咽炎會導致咽部抵抗力下降，遇氣候冷、熱、干、濕變化時，黏膜的加溫、加濕調節作用減弱，纖毛活動和分解吞噬功能不足，細菌和病毒容易在局部停留繁殖，成為慢性感染病灶。因此，這些病人很容易感冒，引起咽炎急性發作。
咽部的感染炎癥波及其他系統，可以并發慢性喉炎、慢性氣管及支氣管炎、腎炎、心臟病等；長期炎性分泌物被咽入胃中，可引起消化不良、食管炎、胃炎、腸炎；毒素吸收可造成頭暈、頭痛、疲乏、精力減退、消瘦、低熱等全身反應。
