慢病毒載體系統由兩部分組成，即包裝成分和載體成分。
1、包裝成分
由HIV-1基因組去除了包裝、逆轉錄和整合所需的順式作用序列而構建，能夠反式提供產生病毒顆粒所必需的蛋白。包裝成分通常被分開構建到兩個質粒上，一個質粒表達Gag和Pol蛋白，另一個質粒表達Env蛋白，其目的也是降低恢復成野生型病毒的可能。將包裝成分與載體成分的3個質粒共轉染細胞(如人腎293T細胞)，即可在細胞上清中收獲只有一次性感染能力而無復制能力的、攜帶目的基因的HIV-1載體顆粒。
2、載體成分
與包裝成分互補，即含有包裝、逆轉錄和整合所需的HIV順式作用序列，同時具有異源啟動子控制下的多克隆位點及在此位點插入的目的基因。
為降低兩種成分同源重組恢復成野生型病毒的可能，需盡量減少二者的同源性，如將包裝成分上5′LTR換成巨細胞病毒(CMV)立即早期啟動子、3′LTR換成SV40 polyA等。