排除病毒性肝炎、酒精、藥物和化學物質的肝毒性作用及遺傳性肝臟疾病；不明原因的轉氨酶升高，膽紅素、堿性磷酸酶增高，高度懷疑自身免疫性肝病等。
抗線粒體2型抗體是診斷PBC的高度特異和敏感的指標，陽性率可達90%以上。此外，慢性肝臟疾病和進行性系統性硬化癥中也可檢出抗M2抗體，但以低滴度為主。抗M2抗體陽性的進行性系統硬化癥患者有可能臨床上重疊有PBC。
