新生兒由于免疫系統尚不成熟，很少接觸外來抗原，生成的免疫記憶細胞數量少，HIV感染后免疫系統損害較成人嚴重。潛伏期短，出現癥狀早，病情進展快，發生淋巴細胞樣間質性肺炎和繼發細菌感染較多。從母嬰傳播所致感染的患兒可早在出生后幾個月就出現臨床征象。潛伏期數月至數年不等。
1.一般臨床表現
出生時一般具有的表現：平均孕期縮短（平均為37周）。未成熟兒和超未成熟兒比率升高。低出生體重，頭小畸形發生率較高。
隨著年齡增長，患兒可逐漸出現AIDS及其相關癥狀，主要包括：持續發熱、生長發育障礙、肝脾腫大、多部位淺表淋巴結腫大等。
2.細菌感染
嚴重的反復的細菌感染，如敗血癥、肺炎、腹瀉、尿路感染、皮膚感染、中樞神經系統感染等，成為嬰兒死亡的重要原因之一。
3.機會感染
以卡氏肺囊蟲性肺炎最為常見，淋巴細胞嚴重減少，患兒可呈隱襲性，肺部僅輕度浸潤，可致誤診。念珠菌感染也較常見，表現鵝口瘡、食管炎、腦膜炎和敗血癥。再發性水皰疾病并伴有潰瘍形成，持續存在1個月以上者，常提示本病的存在。其他機會感染的病原體為鳥型分枝桿菌、CMV、隱孢子蟲、新型隱球菌等。
4.腫瘤
在成人患者中見到的Kaposi肉瘤，在兒童患者中少見。