普卡霉素對革蘭陽性細菌有強大抗菌作用，對HeLa細胞有明顯細胞毒作用，對P388白血病、Lewis肺癌、Ca755腺癌、S180及W-256等均有較強的抗腫瘤作用。它可抑制DNA及RNA的合成，主要是后者；本品與DNA形成穩定的復合物，干擾DNA的模板作用，從而選擇性地抑制RNA合成。它亦可抑制DNA聚合酶，從而干擾DNA合成。它對增殖期細胞各周期均有作用。
本品與多種天然來源的抗腫瘤藥物具交叉抗藥性，出現多藥抗藥性現象，對本品耐藥的細胞株P-糖蛋白往往過度表達。
本品還有降低血鈣及尿鈣的能力，主要由于它可抑制破骨細胞對骨組織的消溶作用。